En la historia de México el periodo conocido como la Colonia o el Virreinato empieza en el siglo XVI, cuando los españoles al mando de Hernán Cortés conquistaron la antigua Tenochtitlan. España tenía el control absoluto de la ahora República Mexicana.

La arquitectura mexicana de esa época se enfocó principalmente en edificios religiosos católicos, debido a la necesidad de los españoles de evangelizar la Nueva España.

La orden franciscana fue la primera en llegar a los territorios americanos conquistados por los españoles, apenas tres años después de la caídafall de Tenochtitlan en 1521.

En el año de 1529, previo a la fundación de Puebla, llegaron a este estado. Su primer contacto fue con la zona de Huejotzingo, donde comenzaron a edificar templos, siendo Fray Toribio de Benavente uno de los principales en arribarto arrive a estas tierras y tener contacto con los habitantes de la región. El convento franciscano de la Ciudad de Puebla se encuentra ligado con los orígenes de la ciudad, ya que Fray Toribio de Benavente, fue quien ofició la misa de su fundación el 16 de abril de 1531.

Los franciscanos ya tenían asignados solares y agua para la edificación de un convento. Fray García de Cisneros, primer guardián de la fundación angelopolitana, tomó posesión de las tierras y con ayuda de los indios de Huejotzingo, construyó unos cobertizossheds, los cuales fueron el comienzo de la obra conventual. En aquel entonces lo habitaban 16 frailes y tres o cuatro novicios. Fue el primer convento establecido en la ciudad de Puebla. Se ubica en la zona más antigua de la ciudad frente al cruce de las calles 14 oriente y bulevar 5 de mayo.

El templo fue consagrado entre 1615 y 1697 a la impresión de las llagas, moral de Ntro. Seráfico Padre San Francisco.

Cabe destacar que mientras arrancaba la construcción de la Catedral de Puebla (1575), el templo franciscano estaba muy avanzado, interviniendo en ambas obras el arquitecto Francisco Becerra proyectando la traza inicial del primero y construyendo el coro y las capillas del segundo. Para el siguiente siglo, el edificio de una nave, fue cubierto con bóvedas de nervadura gotica, que substituyeron a la cubierta de vigas que inicialmente tuvo, se embelleció tanto la iglesia como el convento con puertas de madera entablerada, se enrejó la capilla mayor, se enlozaron pisos, se revistieron de azulejos las paredes exteriores y se decoró el interior con numerosos retablos barrocos que más tarde serían retirados durante el siglo XIX en el que fue transformado de manera incorrecta al estilo neoclásico siguiendo modas estilísticas.

En una de sus capillas se venera el cuerpo incorrupto del beato legolay brother Fray Sebastián de Aparicio, patrono de los choferes, ya que solía ir con sus carretas cargadas de leña, debido a que su oficio era el de carretonero.

Por este motivo en la calle se enfilan los autos recién comprados, para ser bendecidos.